2010年01月05日

はじまり

明けましておめでとうございます。今年も良い年となりますように。

正月休み中、昨年中にとあるところから依頼されていた"connectivity"に関する紹介文章を書きました。とはいえ、学生時代に自分の勉強用に作った文章ほとんどそのままなのですが。。今から思えば「空間生態学」という分野を初めて意識して勉強し始めたころに作ったもので、読み返してみるとなかなか懐かしいものがありました。何にせよ文章として残しておくのは良いものです。

ウェブページにも原稿を載せました(空間構造がなぜ重要か?:コネクティビティーの把握)。内容的にはやや古くなっていますが、まぁ何かの機会に役にたてば、と思っています。

投稿者 taku_kadoya : 07:06 | コメント (0)

2009年12月23日

久しぶりに写真を整理していたら出てきた写真。今年、兵庫県播磨と釧路湿原に行った時の写真です。異動などでバタバタして、残念ながら今年はあまり野外調査にでかけられませんでした。来年こそは周到に準備して新しい研究&野外調査を始めたいものです。


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投稿者 taku_kadoya : 12:06 | コメント (0)

2009年08月24日

ベイズ特集号

昨年(前々回)の生態学会での企画集会、「始めよう!ベイズ推定によるデータ解析」での講演をもとにした、生態学会誌の特集記事が出版されました(第59巻 第2号)。編集前の記事は、PDFとして公開しました(こちら)。あくまでも、編集前原稿ですので、実際の掲載記事と異なる箇所がある可能性がありますのでご注意ください。

何かあたらしいことを勉強しようとすると時間がかかるもので、2007年の輪読会から始まって、2年越しでようやく一区切りという感じです。でも、おかげで2年前と比べるとかなり視界が開けた気がします。さて次は、せっかく勉強した「分析ツール」を生かして、面白い研究テーマにとりくみたい!と思っています。

投稿者 taku_kadoya : 20:00 | コメント (0)

2008年09月09日

宣伝

10月の個体群生態学会で、下記のシンポジウムを企画しています。ぜひご参加ください。

企画シンポジウム:東京大学農学部 10/18(土) 15:45~18:15 A会場(2号館2階)
「景観構造が決める個体群・群集の構造と動態」

企画者:宮下 直、角谷 拓(東大)

趣旨: 空間的に異質な環境下における生物の移動分散は、生物間相互作用や死
亡、移住などを通して、個体群動態に大きな影響を与える。近年のメタ個体群研
究は、これらのプロセスを明示的に組み込むことで大きく発展してきた。一方、
景観生態学においても、土地利用や地形などの環境不均一性が生態学的事象にど
のように影響を及ぼすかを明らかにするための研究が重ねられてきた。しかし、
それぞれが扱う系の複雑性や時空間スケールの違いなどにより、両分野は基本的
に別個の歩みを続けてきたといえる。ところが近年、地理情報システムの普及や
計算機の性能向上などの技術発展により、これまでメタ個体群生態学が対象とし
てこなかった幅広い生態学的事象に対する空間プロセスの重要性や、景観生態学
ではブラックボックスとして扱われてきた空間プロセスのメカニズムの解明が進
んでいる。こうした潮流は、従来の個体群や群集生態学ではほとんど認識されて
こなかった新たなダイナミズムの駆動機構を次々に明らかにしてきている。本シ
ンポジウムでは、上記の新しい視点からの研究成果を紹介していただくとともに、
今後の研究の発展性について議論する予定である。

■カワトンボの翅色多型の動態を決める景観構造 
角谷 拓(東大・農)

■マトリクスの透過性が決めるメタ個体群の存続性 
黒江美紗子(東大・農)

■景観構造に依存したセイヨウオオマルハナバチと在来マルハナバチの種間相互作
用 
石井 博(富山大・理)

■送粉系から見たランドスケープフェノロジーの重要性 
工藤 岳(北大・地球環境科学)

■河川の合流が生み出す生態学的プロセス 
大澤 剛士(神戸大・人間発達)

投稿者 taku_kadoya : 20:36 | コメント (0)

2008年01月31日

証拠写真?

今日、一昨日のセミナーのお知らせが壁にはってあるのに気づいて、証拠にと思って写真をとりました。セイヨウオオマルハナバチはこちらでは在来の普通種なんですよね。今議論している研究計画ではポリネーター(マルハナバチ)を対象にする予定なので、在来種としてセイヨウオオマルハナバチを扱うことになりそうです。また違った姿がみえてくるかも...となんとなく楽しみだったりします。

投稿者 taku_kadoya : 23:34 | コメント (0)

今日は天気はいまいちだったのですが、フィールドの下見にいってきました。ドイツも含めたEU諸国では、有機農法や生物多様性に配慮した農法の促進、最近ではエネルギー作物への転換など農業に関わる政策が大規模に進められていて、生態学分野の研究者も、その政策が生物や生態系にどのような結果をもたらすかを評価・予測するといったことにかなりの関心をもって研究をすすめているようです。

今議論をすすめている研究計画もその一端を担えるものになればよいなと思っています。

投稿者 taku_kadoya : 02:02 | コメント (0)

2008年01月29日

ギーセンにやってきました。駅前の写真。ギーセンは歴史のあるまちなんだけど、第二次世界大戦のときに街の80%が破壊されてしまったそうで、町並みはあんまりきれいじゃないんだ..という話をききました。

滞在初日は、あいさつしてまわったり、研究室のしくみを教えてもらったりと結構バタバタしました。でも、午前中に共同研究の相談を始めることができて、明日はフィールドに下見に行くことにもなりました。結構面白い研究になりそうな気がして楽しみです。帰る前までにプロポーザルを完成させるのが目標(!)ってとこでしょうか。

夕方から、研究室のセミナーでの発表を頼まれていたので今年度からはじめたセイヨウオオマルハナバチ関連の仕事の紹介をしました。たどたどしい英語でも、中身は何とか理解してもらえたようでほっとしました。

投稿者 taku_kadoya : 03:39 | コメント (0)

2008年01月18日

あけましておめでとうございます。
年末年始は色々なことが重なってバタバタとして、ようやく通常モードに戻ってきました。

1月28日-2月8日まで、ドイツ、ギーセンのJustus Liebig Universityに共同研究の相談にいく予定です。「農業を中心とした景観構造と昆虫群集との関係」というテーマで現地で新たに研究を始めようという話になっています。ついでに、セミナーでの発表を頼まれたのでその準備に追われています。帰ってきたらすぐに、企画集会合宿もあるので、あっという間に1、2月は過ぎていきそうな予感...(毎年のことですが)。

投稿者 taku_kadoya : 17:47 | コメント (0)

2007年12月08日

久々の更新でいきなり宣伝ですが.....
次回の福岡生態学会(3 月14 日(金)~3 月17 日(月) )で以下の企画集会を行ないます。興味ある方は是非!ご参加くださいー。

【集会タイトル】: 始めよう!ベイズ推定によるデータ解析
【企画者】深澤圭太(横国大・環境情報)・角谷拓(東大・農学生命)
【概要】:
 近年、ベイズ推定が生態学における有用な解析ツールとして認知されつつある。ベイズ推定の魅力の1 つは、背後にある不確実性や観測できないプロセスを明示的に取り扱うことで、データが持つ情報を最大限引き出せることである。このような高い自由度は、移動分散・観測手法の違い・階層構造など生態学でよくある複雑なデータを分析する際に大きな力を発揮する。しかし一方で、この高い柔軟性ゆえに分析を実行するためには、モデルの構造やパラメータなどの詳細な設定をユーザー自身で行なうことが必要となり、このことがベイズを用いたデータ解析を始める敷居を高くする一因にもなっている。
 本集会では、生態学のフィールドで良くとられるデータタイプの一つである生物の空間分布データを扱い、空間的自己相関を考慮した移動分散の解析、複数のプロセスからなるモデルの推定など、ベイズ推定のご利益を実感できる実例とともに、その考え方と具体的な使い方をできるだけわかりやすく説明する。本集会での講演者は、いずれもベイズを使い始めて1 年未満の初学者である。講演者が経験した試行錯誤の経過なども紹介しながら、ベイズをこれから使い始める人が、一見難しそうなベイズ統計学も直感的な理解と試行錯誤によって十分身につけられる、と思えるような集会を目指したい。
なお、講演に先立って演者全員で準備したベイズ統計の考え方の概説を行なう予定である。

コメンテーター:
久保拓弥(北大)・島谷健一郎(統数研)

【講演タイトル】:
1.階層ベイズモデルによる外来樹木アカギの分布予測
深澤圭太・小池文人(横浜国大)・田中信行(森林総研)・大津佳代(日林協)

2.空間自己相関モデルをもちいた花粉散布の空間パターン推定:ブナの花粉は本当に風で飛んでいるのか?
富田基史(東北大・院・農)・花岡創(岐阜大・院・農)

3.空間自己相関を考慮した湿地における絶滅危惧植物の分布予測モデル
石濱史子・小熊宏之・武田知己・竹中明夫(国環研)

4.分布拡大するシカ個体群における分散速度のベイズ推定
山道真人(総研大)

5.ベイズキャリブレーションによる外来生物の分布拡大予測:セイヨウオオマルハナバチを事例に
角谷拓(東大・農学生命)

投稿者 taku_kadoya : 14:56 | コメント (0)

2007年09月24日

ベイズ輪読会実践編

先週末は、総研大の葉山キャンパスでベイズ輪読会の実践編ということで勉強会を行ないました。それぞれ、手持ちのデータをつかってベイズで分析した結果を発表しあうというもの。詳しい模様は参加者の一人の富田くんがブログで詳しく紹介してくれています(>富田くんのページ)。総研大の設備はすばらしかったです。設備に対して利用者が著しく少ない感じでしたが、それくらい余裕があった方がよいのかも。

今回は6名の発表でしたが、ほとんどの人がオリジナルデータなので残念ながら資料をウェブで公開…というわけにはいきません。その代わりといってはなんですが、次回の福岡生態学会で今回の勉強会の成果(?)を話す企画集会をアプライしてみよう!ということになりました。一次案として出てきた集会タイトルは「ベイズはじめました。」「きみにもできるベイズ」「わかる!ベイズ」等々…発表予定者はみな、今年からベイズを使い始めた人なのでその新鮮さと、ちょっとハードルを越えてベイズを使い始めると色々なことができますよ、というようなメッセージが伝わるものになればよいかな…というつもりです。

具体的になり次第、随時お知らせしますので興味のある方は是非、集会にご参加くださいー。

投稿者 taku_kadoya : 11:21 | コメント (0)

2007年06月14日

6月11日、12日と泊り込みで階層ベイズの輪読会を行ないました。自分でもやってみようかなと思えるぐらいには理解が進んだ気がします。例によって、輪読会のレジュメを公開するためのページを作成しました(>こちら)。今年中に、自分のデータをつかった「実践編」勉強会をやろうということになっています。

投稿者 taku_kadoya : 16:25 | コメント (0)

2007年06月09日

6月は〆切に追われています。6月中旬と6月末に原稿の〆切。片方は英文です。さらに用事というのは重なるもので、数日前に投稿していた論文が要修正でもどってきました。こちらの〆切は、7月5日。そして、月曜日からは「階層ベイズ」の集中輪読会が始まります。6月30日からは、シンポジウム参加でドイツにいくのに大丈夫かなー。まだフィールドでデータもとりたいのになー。

投稿者 taku_kadoya : 13:57 | コメント (0)

2007年05月04日

最近、フィールドノート化していますが、天気がよかったので高尾まで行ってきました。家からは、車で数十分の距離です。お目当てはもちろんこの季節の風物詩「ムカシトンボ」。いよいよフィールドシーズンの到来という感じです。

こんな渓流に縄張りを張っています。
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ムカシトンボ(オス)の写真。
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とても毛深いトンボです。
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ラショウモンカズラ↓
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投稿者 taku_kadoya : 17:20 | コメント (0)

2007年04月27日

霞ヶ浦周辺で研究をすすめる人々で、現地での打ち合わせにいってきました。

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ヨシ原の中の高茎草本の根元に発達するミズゴケ。色々な植物にとって重要な意味がありそう..とのことです。

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田んぼに沈む夕日。今年は、谷津田・里山をフィールドにした調査も計画しています。おもしろい研究になればいいなあと期待しています。

投稿者 taku_kadoya : 22:53 | コメント (0)

2007年04月01日

生物多様性国家戦略の見直しに関わって、環境省が意見募集をしています(>こちら)。明日が締め切りなので、「自然環境データの整備」の項にからんで簡単な意見を書きました。
その一部>
 
 『生物種やその生育・生息適地の空間分布情報は、自然再生や生態系ネットワークの構築を効果的に進めるうえで欠くことのできないものです。特に、再生の目標設定や生物個体群・群集の再生可能性の予測、生物の視点からの生態系ネットワークの評価などには、継続的かつ量的な広域空間情報が必要不可欠です。この観点から自然環境データの充実、技術開発および収集体制の確立の重要性を述べる必要があるのではないかと考えます。』

D論の研究では、「湿地の再生」が一つ大きなテーマになってきましたが、このような実践的な場に関わると、生物の分布範囲をカバーするような広域の空間データの重要性を痛感します(そして情報がいかに不足しているかという点も)。実験による「強い」実証を決して軽視するわけではありませんが、既存の生態学的な知見と実験が難しい広域を対象とした粗くて不均質なデータをうまく扱いながら、「生物の視点」にたった予測を行うという研究がこれから大事になってくると思います。ここら辺には学問的にもおもしろい領域が広がっているとも感じているわけですが....

投稿者 taku_kadoya : 12:11 | コメント (0)

2007年03月27日

生態学会(3月19日-23日)が終わりました!今回は、自由集会を企画していたこともあっていつになく充実した学会になりました。自由集会はたくさんの人が参加してくれて、良い議論もできたと思います。実験の難しい大きな空間スケールでの研究も、現地調査とモデルなどをうまく組み合わせることで、観察されたパターンを生み出す生態学的なメカニズムに迫ることができる…という視点は、やはりこれから大事になるだろうなというのが再確認できました。この盛り上がったテンションを具現化するべく論文書きにも精を出すことにします...

関連して今日、面白かった論文。

Levey, D. J., Bolker, B. M., Tewksbury, J. J., Sargent, S. and Haddad, N. M. 2005. Effects of landscape corridors on seed dispersal by birds. - Science 309: 146-148.
鳥による種子散布が種子の供給源となるパッチとコリドーでつながったパッチで促進されるという内容です。割とあたりまえな感じですが、コリドーの効果をランドスケープレベルで繰り返しをつくって検証した研究は、なかなか見たことがありません。100m四方のオープンなパッチを樹林地の中につくってシードトラップを設置するという実験をしています。さらに、パッチのエッジに対する鳥の反応(分散行動)という局所的なパターンを元に個体ベースモデルを作って、ランドスケープレベルでの種子分散頻度を予測し上記の実験結果と比較する手法をとっています。こんなのは個人では絶対無理!という感じの研究です。

さて、愛媛での学会。最終日は少しより道してきました。寄り道の最中に見つけた果物やさん。さすが、みかんが安い!自宅に発送して食べてみたらとってもおいしかったのでご紹介しておきます。キロ単位で売っていたデコポンが東京では一個200円だったりしてびっくりしました。

山鳥青果


投稿者 taku_kadoya : 19:02 | コメント (0)

2007年03月14日

3月5日から13日まで、トンボの調査のお手伝いでマレーシア、ボルネオ島にいってきました。現地でとった写真などを調査の合間や帰りの飛行機の中で整理したものを公開しました(>ボルネオ滞在記)。

投稿者 taku_kadoya : 20:13 | コメント (0)

2007年02月01日

昨日は、博士論文の審査会でした。ようやく一息ついたというところで、だいぶ遅くなりましたが今年はじめての更新です。長かった自由な学生生活(9年間!)がもう少しで終わってしまうんだなあという実感が最近でてきて、一抹の寂しさがあります。
今日は、審査会が終わるまで見ないことにしてきた雑用をかたづけたり、これからの仕事の予定をたてたり。審査会は終わったけれども、再投稿の締め切りが迫っていたり、来週には自由集会の打ち合わせがあったりで、気を抜いている暇はなさそうです。

投稿者 taku_kadoya : 13:52 | コメント (0)

2006年11月03日

輪読会のレジュメ

10月の末に、空間統計の輪読会をやりました。レジュメを公開しました(>こちら)。少しでもお役に立てば幸いです。ついでに、2年ほど前に研究室でやった集団遺伝学の輪読会のレジュメにもリンクを張りました。

投稿者 taku_kadoya : 10:43 | コメント (0)

2006年08月14日

昨日は、お昼ごろぶらりと某大学構内にある池にでかけてきました(すっかり夏休み気分)。池の周りの木陰には、オオアオイトトンボやリスアカネがとまっていました。彼らが繁殖活動を始めるのは夏の終わり、もっと涼しくなってからでしょう。写真をとりながら、トンボの仲間の中でもこれほど生活史に多様性があるのはどうしてなのか、と改めて考えさせられました。

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オオアオイトトンボのオス。

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リスアカネのオス。

投稿者 taku_kadoya : 14:18 | コメント (0)

2006年08月11日

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マルタンヤンマのメス。


...というわけで、今日も行ってきました。少し勘がもどってきたような。しかしながら、気象条件のせいか、今日は高く飛ぶ個体が多くて、写真のような茶色の翅をしたトンボがはるか頭上を飛びすぎるのは見えるても手が届かないということが度々。まあ、ただ眺めているだけでもパソコンばかり見ている疲れ目にはよいリハビリになるでしょう。

投稿者 taku_kadoya : 22:38 | コメント (0)

2006年08月10日

誘われて、夕方から、ちょっと近所までトンボ採集にいってきました。ここしばらくはフィールドにでていなくて、網もふっていなかったので、目も腕もなまってしまって、散々でした。この季節は、夕方になるとヤンマが摂食のために飛びます(いわゆる黄昏飛翔)。一緒にいった師匠は、お目当てのマルタンヤンマをとりました。僕は、修行不足で空振り。また明日行こうかな。

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マルタンヤンマのオス。目の青色が美しい。


更新ついでに、7月に茨城県に調査に行ったときの一枚。キイトトンボです。それほど珍しいトンボではないですが、最近数がへっているそうです。確かに、東京では見たことないなあ。

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投稿者 taku_kadoya : 22:22 | コメント (0)

2006年08月04日

3年ほど使っているノートパソコン(IBM T41)のハードディスクが一杯になってきたので、整理をすることにしました。なんといっても場所をとっているのが、画像ファイル。でも、外出先でプレゼンファイルを作ったり直したりするときには、ノートパソコンに写真が入っていると便利なので、消してしまうのもなあ、と考えたあげくネット上に保存することにしました。とりあえずいくつか探してフォト蔵を利用することにしました。付属のソフトウェアを使えば、複数ファイルをいっぺんにアップロードできるのが便利です。これなら、外出先でもまあ使えそうだし。

投稿者 taku_kadoya : 16:58 | コメント (0)

2006年06月20日

研究室での議論を活発化しよう!という意図で、ヒルゼミ(お昼にやるから)が開かれることになりました。昼飯を食べながら、研究の相談や議論などを気軽にやろうという趣旨です。早速、第一回目(明日21日のお昼)の話題提供者に任じられたので、少しくらい準備しようかなとおもってレジュメを作りました。タイトルは、「最近考えていること、やりたいことやるべきこと」。D論を書こうと悪戦苦闘している時だけに、これからやりたいことへの夢想がひろがって、どちらかというと未来志向型(現実逃避型)の話題提供になりそうです。

投稿者 taku_kadoya : 19:38 | コメント (0) | トラックバック

2006年05月12日

あっという間に5月です。毎週何かしらの締め切りがあって、なかなかフィールドにでられない毎日です。今月末からはぼちぼち調査をはじめたいなと思っています。そんな憂さ晴らしに、松崎くんに教えてもらった壁紙のページをみて癒されています。今月はトンボの写真です。僕のPCのデスクトップには"タイワンハグロトンボ"の写真が飾られています。

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2006年04月22日

報告書やら申請書やら、締め切りのある用事におわれて忙しくしているうちに4月も半分以上すぎてしまいました。とうとうD3の年です。

それはさておき、トンボの和名を学名に変換するためのリストを作りました。
使い方はいたって簡単。Microsoft Wordのユーザー辞書に登録するだけです。

ワードを立ち上げる> 編集 >日本語入力辞書への単語登録>辞書ツール>ツール>テキストファイルからの登録

でテキストファイル(tombo.txt)を指定すると辞書に登録されます。

登録した後、ワードなどで、和名をひらがなで打って、変換すると学名が候補に出てきます。和名は、「トンボ」と「ヤンマ」はだいたい省略して登録しています。
例)シオカラトンボ→シオカラ、マルタンヤンマ→マルタンなど
これが気に食わない場合は、テキストのひらがなの部分を書き換えればOKです。

”やぶ”を変換すると、いきなり”Polycanthagyna melanictera (Selys, 1883)”となってしまったりする面白い日本語入力環境ができます。

学名が正しい保証はありません。間違いがありましたらご指摘いただけるとありがたいです。


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2006年03月15日

夕飯を食べているときに、解析の間違いにきづいた。なんか、思っていたのと結果が合わないなあと思っていたら案の定。そして、このあと15分後には、ゼミ発表が...もうレジュメも印刷しちゃったし、ここは素直にごめんなさいというしかないかなあ。追い込み仕事はよくないですね。やっぱり。

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2006年03月12日

発表の準備は、主要な図表がそろって、だいたい流れができた時点でとたんにモチベーションが下がってしまうものです。こうなったら、あとは、「発表練習」とか、「発表直前」とかいったプレッシャーがかからないとなかなか進みません。というわけで、今日は違うことをやろうっと。

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2006年03月10日

生態学会の発表用ファイルを今日までに提出しなければならないので、お勉強は一時中断で昨日から、ファイルの修正。指導教官にチェックしてもらって送信。

頭が学会モードになったついでに、自由集会の準備を始めることにした。今回の学会では、研究室のPDの石井さんと

『保全生態学研究会自由集会~農業生態系の生物多様性保全-水域の生物群集を例として-』

を企画しています。おもしろい議論ができればいいなあと期待しています。

投稿者 taku_kadoya : 13:22 | コメント (0) | トラックバック

2006年03月05日

この土日は、大学にきてしごとしています。天気も良く春めいていて気持ちが良い。研究室に入ったばかりの頃に買ってチラッとだけよんでそのままになっていた本を読んでいます。当時と比べると問題意識もだいぶ具体的になってきて、読んでいてもおもしろい。

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99年に出たこの本も、僕が研究室に来たばかりのころは、最新刊でした。
だんだん人が増えてきたので今日はこのくらいで撤収。

投稿者 taku_kadoya : 16:07 | コメント (0) | トラックバック

2006年03月01日

先月からやってきた仕事がひと段落ついたので、さてこれから新しいことをはじめようかという感じです。忙しい忙しいといっても、基本的には自分が楽しいと思うことができるので、幸せなことです。年度末の事務作業に追われるスタッフを横目で見ながら、収入があって、高い学費がなければいつまでも学生でいたいと勝手なことを思うのでした。

投稿者 taku_kadoya : 11:03 | コメント (0) | トラックバック

2006年02月23日

おくればせながら、Macroecology輪読会後半部分でおもしろかったのは、

12章. Routes to extinction
Bernt-Erik Sæther and Steinar Engen

14章. Macroecology and microecology: linking large-scale patterns of abundance to population processes
Andrew R. Watkinson, Jennifer A. Gill and Robert P. Freckleton

あたりでしょうか。
種の分布量、分布範囲それから種の絶滅しやすさが種の特性とどのように関連しているかという視点が興味深いところです。

投稿者 taku_kadoya : 14:29 | コメント (0) | トラックバック

2006年02月20日

昨日、明日と『Macroecology』の輪読会に参加しています。2日で終わる短期集中輪読会です。途中まで読んで感じたこの分野で重要な視点は、生物のあり方(分布量や分布の広さなど)について進化的な観点や種間の比較といったアプローチを重視しているということでしょうか。いずれにせよ、大変勉強になります。
昨日やったなかで、とくにおもしろかったのは、

2章. 「Evolutionary analysis of species richness patterns in aquatic beetles: why macroecology needs a historical perspective」
Alfried P. Vogler and Ignacio Ribera

11章. 「Life histories and extinction risk」
John D. Reynolds

あたりです。11章は自分が担当したので多少自画自賛か。

投稿者 taku_kadoya : 21:44 | コメント (0) | トラックバック

2006年02月14日

コメントをお願いしていた論文の原稿が先週末にかえってきたので、修正にとりかかっています。丁寧にみていただいて、いくつか重要な論点を提起してもらいました。ありがたいことです。この論文とは1年以上の長い付き合いで、色々と学ばせてもらいました。しかし、いつまでもお付き合いしているわけには行かないので、そろそろ送り出したいところです。

昨日の論文ゼミでは、ランドスケープスケールでとられたデータの解析・解釈についての議論があり、エキサイティングでした。特に、上の論文の内容とも関係して、さらに普遍的なパターン(?)である空間自己相関をどう扱うのか、解釈するかは、まだまだ相当に試行錯誤が必要だと感じました。
さらには、ランドスケープスケールでのパターンの解釈を補強するためのシミュレーションを設計して使えるようになるというのも課題です。

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2006年02月09日

朝から、原稿読みを2本ほど。最近、「論文書き方ゼミ」もあって、人の書いた原稿を読む機会が増えています。論理構成なんかを気にしながら読むととても勉強になります。

氾濫原セミナーは大変おもしろかったです。「河川」「流域」といったマクロなスケールで生物の分布や存続性とそれに影響する地形、地質、土地利用、気象といった条件との関係を明らかにすることの重要性を再認識しました。月末からやるMacroecologyの輪読会もこんな問題意識をもって参加すればさらに楽しめそうです。

投稿者 taku_kadoya : 09:25 | コメント (0) | トラックバック

2006年02月06日

九州行き

明日まで九大での「氾濫原セミナー」参加のため福岡にいってきます。話題提供もかねて簡単なプレゼンをする予定にしていますが、ちょうど良い機会だからと今年度のデータをまとめ始めたんだけど収拾がつかなくなってしまいました。いやはや。

投稿者 taku_kadoya : 08:19 | コメント (0) | トラックバック

2006年02月03日

昨日は、生物多様性研のみなさんとやっている論文の「書き方」ゼミでした。論文の発表者は、コイの研究をしている松崎くん。既に投稿中の論文でしたが、研究の位置づけやテーマ設定など、いつも以上に議論が白熱しておもしろかったです。人の書いた論文を批評するのは、大変勉強になります。

投稿者 taku_kadoya : 14:27 | コメント (0) | トラックバック

2006年02月01日

湿地の分類

「湿地」に対応する英語は色々あります。トンボの生息地を記述するのに必要なので困っていたら、助手の西廣さんがKeddy(2000)『Wetland Ecology』を紹介してくれました。この本には、代表的な6分類として以下のような説明がのっています。

1.Swamp: 土(ピートではない)に根を張る木本が優占。
2.Marsh: 土(ピートではない)に根を張る草本が優占。
3.Bog: 厚いピートに根を張るミズゴケ類、カヤツリグサ、低木などが優占。
4.Fen: 薄いピートに根を張るカヤツリグサやイネ科が優占。
5.Wet meadow: 草本が優占。時々洪水により冠水する。
6.Sallow water: 水生植物が優占。常に25cm以上冠水している。

でも、他にも色々な単語(carr, flark, hochmoor, lagg, mire, pocosin, etc...)があったり、同じ単語が違う意味で使われていたりと、用語の定義については混乱があるようです。

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2006年01月31日

九州での調査結果も、先週末の学会で発表したし、論文もめどがついたので、生態学会に向けてさあ新しい仕事を始めようと思っていたら.....そうでした今日は別のお仕事の手伝いをする約束していたのでした。..ブルーギルの胃内容調査。全身がそろっていたって同定できないアブとかハエとかアリとか、足や腹部の一部だけ見たって何かわからないですよねえ。やり始めたらそれなりにはまってしまうんですけど。
  
  その後気を取り直して、地図いじり。国土地理院のウェブページで公開されている25000分の1の数値地図をArcGISで読み込むには、.SAL→.MIF, .MIF→.SHPの二段階のファイル形式の変換が必要。前者は、フリーソフト(map25K_VEC)、後者は、ArcGISに付属しているデータ変換ソフトでできる。GISは、色々とフォーマットが統一されていなくて、私のような素人にはまだ使いにくいです。

投稿者 taku_kadoya : 13:40 | コメント (0) | トラックバック

2006年01月29日

帰途

昨日から大津市で行われていた国際湿地再生シンポジウムからの帰りの電車内です。口頭発表をした午前中の分科会では、自分の発表のテーマでもあった、復元の目標設定のあり方にも議論がおよび、なかなかおもしろかったです。このテーマへの関心は再生の現場に携わっている人たちの間でも高いんだなあというのが感じられて良かった。

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2006年01月26日

昨日は、アマノさんのD論審査会がありました。ガンの食害を採食モデルから予測するという話ですが、個体のもっている情報の不確実性に注目している点がとくにおもしろかったです。ある統計量のフィールド全体の期待値とか、最も適応度を最大化できるオプションとかを、個体が知ることができるというのは、現実にはとてもありそうもないことなので、情報には不確実性が伴うという仮定はとても合理的に思えます。そして、個体ベースモデル(アマノさんは行動ベースモデルと呼んでいました)は、このようなことを扱う枠組みとしてとても適しているなあという感想です。大変刺激的でした。

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2006年01月23日

山浦さんのD論審査会。おもしろかったです。僕も頑張らねば。やっぱり、ランドスケープスケールの研究では、空間自己相関のモデリング&解釈はかなり大事ですねえと感じました。
週末の学会発表の準備、なかなかに気乗りしないんだけれど、やっぱり仕事は大学にきたほうがはかどります。なぜかしら。
floodplain.jpg
発表用にこんな絵を描きました(手書き)。氾濫原ー河川生態系のイメージ図のつもりです。イラストレーターなどを使えればよいのですが、なかなか。いまだにスキャナに頼っています。

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2006年01月21日

二日ほど前から、どうも体調が悪いなあと思っていたら案の定インフルエンザ(A型)と診断されました。うわさのタミフルを処方されました。幸い副作用もなく、今朝には熱も下がって回復しつつあります。来週末、滋賀である湿地再生国際シンポジウムでの発表準備を始めなければと思いながらも、病み上がりであまり仕事がはかどらず。同時通訳がつくので、日本語で発表できるのでその分楽ではあるのですが。

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2006年01月19日

本日は、生物多様性科学研のみなさんが中心でやっている論文ゼミでの発表予定。投稿予定の原稿を読んでもらって意見をもらうという趣旨で。原稿は、しばらく(一週間超)放置して、別の仕事に取り掛かっていたので、内容を(人に説明できるくらい)思い出しておかなければ。同じ原稿は、昨年、学会で知り合ったカナダの景観生態学の研究者の方にもみてもらっています。
 というわけで色々、有用なコメントをいただいてきました。やっぱり色々な人と議論をすると、同じデータでも自分の今まで気づいていなかった解釈なども出てきて勉強になります。

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2005年12月13日

今年の4月ごろ、スウェーデンの研究者から、君の論文に出ていたアカトンボの遺伝解析をやりたいから、標本を送ってくれとメールがきた。じゃあ、10月くらいに送りますねと快く引き受けたものの、のびのびになってやっと昨日、これから発送する旨連絡しました。ちょうど、これから遺伝解析の仕事に取り掛かろうとしていたところなのでちょうど良かったとのお返事。よかったよかった。

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2005年11月24日

昨日、今日と健全な湖沼生態系再生に関するプロジェクトの打ち合わせに、参加。社会科学から経済学、生態学と幅広い分野の研究者の方々のはなしを聞いているだけでもとても刺激的でした。議論の内容もさることながら、各分野の研究対象に対する姿勢や研究のスタイル・方法論などがおもしろかった。最近、このページを見たといってもらえる機会が何度かありました。それはたいへんうれしいことですが、うーんもうちょっと中身を充実させねばというプレッシャーもかかって、複雑です。

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2005年11月14日

というわけで、週末『やさしいC++』を一通りよんでみました。確かに、文法はややこしそうです。が、Rubyの入門書である『たのしいRuby』よりもさらに、初心者向けにかかれていてテキスト自体はずっと理解しやすかったです。フリーで手に入る開発環境のBCC Developerも使いやすくて好印象。ここら辺は、さすがにユーザーが多いことのメリットでしょうか。ともかく、あとは自分で使うものを作ってみながら勉強するしかなさそうです。とりあえず1ヶ月後の研究室ゼミを目標に。

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2005年11月11日

とことん滞っている更新ですが、机に向かう時間が増えてきたので改善されるかな(?)。やろうやろうと思っていながら、進んでいなかったプログラミングの勉強を始めました。いま、『やさしいC++』という本をよんでいます。先は長いですな。

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2005年09月27日

せっかく秋晴れが続くか、と思っていたら今日は天候不順。というわけで研究室にいます。赤とんぼの分布の調査は、11月いっぱいは続く予定です。そろそろ、ウェブページの更新にも再び取り組みたいと思っているのですが、なかなか。今年の目標は、研究のページをつくりなおすこと。できれば英語版もつくりたいなあ。

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2005年09月22日

しばらく、天気が悪そうなので、久しぶりに机に向かって仕事をしています。今年度が始まって研究室のメンバーが入れ替わって以来、滞っていたTREEのゼミを再開しようかという話しになっています。自分のテーマとは直接関係のない話題で議論しているうちに意外といい考えが思いついたりするもので、そういうのも楽しいものです。

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2005年08月14日

久しぶりの更新。無事学会から帰国しました。初めての口頭発表でしたが、思ったよりよかったかな。質問も、相手が大変ゆっくり話してくれたので、なんとか答えることができた。現在僕の英語力は 聞く→理解する→答える の二番目の→が制限要因になっているようで、また来年に向けてお勉強しなきゃとの思いを新たにしました。内容も大変充実していて楽しかった。

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2005年07月13日

25日に出発する学会の発表準備。英語の口頭発表は初めてなので、『理科系のための英語プレゼンテーションの技術』という本を買って読んでみた。実践的でおもしろい。気温が上がったら調査に行かなければならないので、天気予報とにらめっこなのですが、今週は涼しい日が続きそうだなあ。

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2005年07月07日

ここ数日風邪をひいてダウンしていました。ようやく持ち直してきたか。完全な夏風邪です。

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2005年06月27日

写真でこれはなんというトンボですか?ときかれた。オオヤマトンボかコヤマトンボなんだけど、修行が足りないので、全体の形だけではわかりません。自分が野外で見ているときは、大きさも違うし、飛んでいるところも違うのであまり困らないのだけど。というわけで、同定ポイントを確認したところ、神戸の青木さんのページに、見分けかたが説明されていました。

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2005年06月26日

ある原稿の共同執筆用に、最近話題のWikiを設置してみました。すぐ側にいる人と作業するのに必要か?という話もありますが、試しに使ってみよう、ということで。設置したお知らせを共同執筆者の石井さんにお知らせしたところ、「現実逃避してる間があったら早く書け」という旨のメールが。ごもっともです。

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2005年06月24日

調査で使う道具(漁具)を仕入れに、つくばの網源にいってきました。店内にはいろいろな漁具がおいてあって面白かった。生き物を採る道具というのはいいものです。ついでに、トンボを採るのに使っていて、最近入手困難になっている網と同じものが手に入るかどうか実物をみせて聞いてみたところ、なんと、知らないで使っていた(←師匠から譲ってもらったので)けれど、「手すき」の網で、日本でつくれば数万円はするだろうとのこと。おそらく、中国か韓国からもってきたものだろうから探してみますとの返答をいただきました。あるといいなあ。林の中などに入って振り回していると、すぐ枝などに引っかかって破れてしまうのです。今後は、いっそう慎重につかわねばなりませんなあ。

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2005年06月20日

学会行きの事務手続きなどで半日つぶれてしまった。明日は宇都宮方面に調査に出かけます。

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2005年06月19日

7月は、調査に学会にと用事が目白押し。6月のうちに、論文やら原稿やらある程度めどをつけておきたいと思うのだけど。予定では、梅雨で雨が降り続いているので、調査はどうせできないから、デスクーワークに集中できるはずだったんだけど。どういうわけか、良い天気が続いています。今年の夏は水不足かなあ。

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2005年06月02日

ここ2、3日、久しぶりに机にむかって仕事をしています。なんだかもう梅雨にはいったような天気ですし。トンボは、雨の中や、夜中に飛んだりしないので、調査をする側も健康的な、気象条件で調査ができるというのもいいところでしょうか。

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2005年05月25日

トンボの師匠にくっついて、河原の昆虫相調査の手伝いなどをしています。「昆虫」全体を調べ始めると自分の知識の足りなさに情けなくなることもありますが、河原に特徴的というわれる色々な種に出会えてとても楽しい。今年は、ぜひともトンボだけでなく他の分類群も勉強(採集?)したいと、やる気がわいてきました。

キバネツノトンボ > つぶらな瞳がかわいい

ミヤマシジミ > コマツナギが食草

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2005年05月16日

明後日からはじめる、ため池での調査の準備など雑用を片付けるうちに時間がたってしまって、今日やろうとおもっていたデータ解析に全然手をつけられない。気分転換に、生協のカタログを見たり。今使っているデジタルカメラの老朽化が著しいので、そろそろ買い換えようかと思案中。明日は環境研に行きます。

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2005年05月15日

東京にもどってきました。今日は、標本の整理やら、サンプルの測定やらで一日つぶれてしまうなあ。それにしても、携帯で撮った写真は全然だめですねえ。お手軽なのはいいのですが。デジカメでとった写真を送る方法をそのうち考えよう。

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2005年05月09日

オオカワトンボ

サクラソウシンポジウム参加のために鳥取県にきています。シンポジウムは昨日でおわり今日は、調査地への移動日。途中たちよった里山の田んぼの水路ではオオカワトンボがさかんに飛び回っていました。

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2005年05月05日

作業日

昨日、今日でなんとか予定していた実験池の設置作業はおわりました。時間があったら、ため池の様子も幾つか見に行こうかと思っていたのだけど。明日は事務手続きがあって大学にいかなければならないので、しばらくおあずけか。明後日からは、鳥取、佐賀行きだし。

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2005年05月03日

ここのところ、心地良い陽気が続いています。天気予報をみると明日、明後日も天気がよさそう。2日とも調査に行く予定。

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2005年05月02日

たくさんの種組成データの解析方法を考える。大体、方向性は決めたんだけど手作業でやるとかなり時間がかかりそうなので、どうしたものか悩む。

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2005年05月01日

ゴールデンウィークだけど、あまり関係なく大学にきた。処理の必要なサンプルがあるもので。休みの日に、単純作業をするとなんだか得した気分になるかも。スウェーデンの研究者から、アカネ属の液沈標本を送って欲しいとの依頼がきた。分類の整理をしたいらしい。返事を書くのにずいぶん時間がかかる。英語でメールを書く練習もしないとなあ。

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2005年04月28日

昨日は、東大の研究室で、今日は環境研で研究計画ゼミ。取り組んでいる分野が違うと、興味をもたれるポイントもずいぶん違うんだなあ、と。それは、何がおもしろいの?といわれると、自分も、なんだかあまりおもしろくないことをやっているような気になったり。それじゃいけないんでしょうけど、なかなか難しい。
 WDAのアブストラクト完成。申し込みをしようと思ったら、パスポートナンバーが必要なんだって。東京にもどらないとわからない。申し込みは明日か。

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2005年04月27日

本日19:00~研究計画ゼミ。いつものことながら、ゼミの日になると準備に飽きてしまって仕上げがすすまない。

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2005年04月25日

今週の水曜日に、研究計画のゼミを控えながら、準備に飽きたのでWDAの要旨を書く。学会は、スペインのガルシア地方のヴィーゴ大で。どうやって行くんだろ。

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2005年04月16日

鬼怒川

毎年恒例の鬼怒川でのシナダレスズメガヤ駆除とカワラノギクの種まき。ついでに鬼怒川で河原の昆虫の研究をしている須田さんや新井くん、今年から始める吉岡くんと調査サイトや日程の相談など。鬼怒川の昆虫グループも随分メンバーが充実してきました。

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2005年04月15日

昨日は、今年から本格的にはじめる「ため池」での調査・研究の現地での相談・打ち合わせ。研究室の石井さん、松崎くん、環境研の西川さんと。考えていたよりも、大変そうだということで、若干疲労感。今後の方針について、松崎くんと議論したりしていて、東京に帰れなくなったので、そのまま飲み会に突入してつくば泊。ねむい。松崎くん頑張っていっしょに面白い研究しましょうね。

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2005年04月13日

昨日は、新しく始まる勉強会の打ち合わせのために緑地植物実験所にいってきました。今回の趣旨は、これまでの輪読会とはちがって、担当したテーマについてのレビューをそれぞれの担当者おこなって発表するという意欲的なもの。いつもながら、緑実にいって、いい刺激をもらってきました。

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2005年04月09日

学会がおわってから、このところ、今年の具体的な研究計画を考えることに時間を費やしています。計画を練っている時間はとても好きな時間です。そういえば受験勉強のときも学習計画を立てるのが一番楽しかった。それを実行するのは時に辛かったけど。ただ、徒然なるままに思考をめぐらせているとどこまでも計画が拡散していくので、時々、自分を現実に引き戻すために、近くの人に意見を聞いたり、議論したり。

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2005年04月04日

大掃除の際の模様替えのおかげ(自分は模様替え案の作成に関与していながら、大掃除当日には参加できなかった不届き者)で、研究室に、念願の会議机とホワイトボードが入ることに。わーい。ちょっとした話し合いをする場所がなくてこれまで不便していました。

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2005年03月31日

学会から帰ってきました。大阪に滞在したのは初めてだったのですが、なんだか空気が埃っぽくて僕の鼻は終始むずむずして調子が悪かった。東京の方が空気はきれいなんですね。明日は研究室の大掃除なのだけど所要で参加できないので、今日、一足先に掃除開始。

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2005年03月27日

高浜発

作業量の目算を誤って学会直前までフィールドで作業するはめに。今朝もドタバタしてなんとかこれから大阪にむけて出発します。予備実験自体はけっこう面白い結果がでそうで今年もう少しデザインを工夫すれば本実験ができそう

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2005年03月22日

学会などが近くなるといつも別のことがやりたくなる。ので、今週一週間は来年度の研究計画を考えたりしています。そういえばこのページをつくり始めたのも、確か昨年修論の締め切りが迫ってきたころだった。今日はイラストレーターを使う練習をはじめたのだけど、かなりややこしいので、今回の発表で使うのは見送り。パワーポイント作画が能力の限界です。でも絵を描くのは良い気分転換にはなりそうなので、疲れたと時にでも少しずつ練習しよう。
14:00~今回が初めての学会発表になる、M1の面々の発表練習。研究に対する努力量が同じ位で、両者とも野外データを扱っているという点で同じであっても、個体群を扱っている人と群集を扱っている人とでは、発表のわかりやすさが全然違う(個体群の方がわかりやすい)。やっぱり、群集を扱うのって難しいんだよね、複雑だし、と一人で納得したりする。というか、わかりやすい問題設定をしにくいということか?

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2005年03月18日

はっさく

農学部の付属農場や果樹園で収穫された野菜や果物が時々、キャンパス内で売られる。今日ははっさくが売られていた。結構安いので調子にのって沢山買ってしまって帰りの鞄が随分重くなってしまった。まだ研究室には別のところから買った無農薬栽培米10KGがおいてあってこれをいつもって帰るかというのも悩みのたね。

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2005年03月15日

昨日、研究室の松崎くんからホームページを開設したとのお知らせがありました(>Linkages between species and ecosysytem processes in lake)。コイ(魚の)に夢中な様子が良くわかります。リンク集も整理&追加しなければと思っているんですが、なかなか気が向かなくて。
 今日は一日学会準備。今回は初めてA0版でポスターを作ることにした。やってみるとレイアウト決めるのが面倒だなあ、ということがわかった。まあ、しょうがない。

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2005年03月14日

バドミントン

最近運動不足解消も兼ねてバドミントンをやっています。研究室がある建物は大正時代建造で明かりとりのためか真ん中が吹き抜けになっていてちょうどコートサイズの中庭があります。

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4年ほど前から、研究室のメンバーで共同で管理していた車(トヨタカリブ、通称わたらせ号、平成元年製)が、本日廃車業者への引渡しが決まりました。一時は、使用予定表をつくって、調整しないと使えないほどの人気でしたが、一人また一人と個人で車を持ち始め、使用頻度も次第に下がり、この春の車検切れをもって引退とあいなりました。お疲れ様。

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2005年03月12日

GLMの輪読会が終わったついでに、Rを使うときに良く参考にしているページをリンクに追加しました。
買ったきり放っておいた岩波科学ライブラリーの入來篤史著「研究社人生双六講義」を昨日の帰りの電車で読んだ。科学が巨大化し、研究者という集団が社会の中に形成されるなかで、研究と社会との関係も大きく変わってきていると著者は言う。従来の「真理の追求」へのモチベーションに加えて「社会的な意義」の比重が大きくなっているということかな。自分の感覚で言うと、「社会的な意義」は、やる気の炎を(時々)大きくはできるけど、持続的に燃やすには「科学的な面白さ」が必要という感じでしょうか。

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2005年03月10日

集団遺伝学の輪読会が終わった。(>レジュメ

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2005年03月07日

GLM輪読会一日目終了。今回の教科書は、厚さが薄いわりに広い手法を含んでいてGLM全体の様子を知るには良いけど、細かい説明がされていないので、これはどうやってるの?という疑問には答えてくれない感じ。今日は、順序ロジスティック回帰のところでみんな頭を抱えてしまった。

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2005年03月06日

輪読会の準備など。
 最近、携帯電話からページを更新することが増えてきたんだけれど、なにせ文字を打つのが面倒。携帯にkeyboardをつけたら便利だろうなと思って探したらありました。(>Rboard for Keitai)。200gでポケットサイズ。こりゃ便利、と思ったけど、冷静に考えるとこんなkeyboardを電車の中で打つのものなあ。使ってる人見たことないし。

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2005年03月02日

シードバンク調査

のための土壌まきだし作業。3月になったとはいえまだまだ水仕事には寒く、作業後たき火で暖をとる。

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2005年02月27日

11:00~の関東地区蜻蛉談話会に出席するために、午前中大学にきて、論文の印刷など。東大の電子ジャーナルには、EcologyやEcological Applicationの新しい論文がなくて不便。しょうがないから明日図書館でコピーしようと思ったら明日は休館日だそう。明後日からは外出するし、先週コピーしておくべきだったなあ。
談話会に初めて参加。タイリクアカネの分布(大雑把にいって、西日本と北日本に分布しており、なぜか東日本にはいない)を決めている要因に関する議論が面白かった。火曜日に環境研にいったときに少し議論してみよう。

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2005年02月25日

今日は入試だし、天気も悪いし、家でのんびり仕事をすることに。最近、これからの研究のスタンスなどを考えることがあるのだけど、「問題解決型研究」というキーワードを検索してみると、「問題発見型研究」ができる大学という文章がありました。保全の分野で必要なスタンスは、「問題解決型」>「問題発見型」な場合が多いかもしれないけど、決して「問題発見型」研究が必要ないというわけではないだろうなあ。

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2005年02月24日

学校訪問

小学校にいってきました。研究生活の様子や研究の進め方(仮説検証サイクル)の話などをすると「地道だなぁー」とのつぶやき声。そう地道なんです。研究が地道なものだという印象をもってもらえたのは収穫だったかもしれません。世の中にはこんな地道なことを楽しんでやってるひともいるんだなと思ってもらえれば幸い。

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2005年02月22日

輪読

夕方から環境研へ。今書いている論文の相談と輪読会のため。本は「Insect Physiological Ecology」。

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2005年02月20日

先週は、輪読会ばかりで、論文の直しがちっともはかどらなかった。予定をいれた自分のせいですが。今週はやっと集中してできるかな。論文を書くときには「英語論文によく使う表現」を愛用しています。

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2005年02月18日

来週、調査にいっている小学校で、
「先輩と語る」というテーマで何人かで話をすることになりました。
①少年時代の夢と生活
(生徒達の年代や、ご自身の少年時代の流行、遊び。少年時代、ご自身が何をされて
成長したのかなど、お好きなことをお好きなようにお話し下さい。)
②今の仕事(学業・研究など)に至るまでのいきさつ
(きっかけ・動機)
③今後将来、何をしていきたいか。
(夢や将来への希望)
という点について話してほしいとのこと。いやー語るほどのものは…..と照れてみても授業は進まないので、一応何を話すか考えておかないと。

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2005年02月17日

明日担当の輪読会のレジュメ(宮下研でやっているHanskiのメタ個体群の教科書)をつくっていたら、「オッカムの剃刀」の論理を無批判に使ってはいけませんという話がでてきた。きいたことはあるけど、意味をしらなかったので調べてみた(>オッカムの剃刀)。つまり、無駄は省きましょうということですね。でも何が無駄かは時と場合によりますと…。うーんこの論理から何か得るものはあるのかな。最終的に到達した結論をあとから正当化するための論理か?

何とか輪読会の準備は終わったけど完全に理解したとは言い難い。
内容は、「ふつう個体の発現形質は
■個体の表現型=遺伝要素+環境要素+遺伝×環境交互作用
で決まるというモデルで考えるけれども、実際は環境要素は、
■環境要素=非生物要素+対象個体の形質発現に影響を及ぼす形質の個体群内平均
に分けられるので、環境要素も進化するというモデルがつくれる。
このモデルをメタ個体群に持ち込むとどうなるか」という話。複雑だなあ。

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2005年02月16日

昨年から続けてきていた統計の輪読が終了しました。なかなか勉強になった。
先日、先生の蔵書から掘り出した岩波の雑誌「科学」のvol.72,No4 2002の特集が研究者としての人生とは?というタイトルだったので、電車の中での暇つぶしに読んでました。この号から、入來篤史氏の「研究者人生双六講義」という連載が始まっていて面白かったので全部読みたいなとおもってウェブで検索したら、になっていました。さっそく明日読んでみよう。

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2005年02月14日

 午前中は、みんなで先生の蔵書の整理。見返りとして、いらなくなった本を色々いただける。午後は輪読会の準備を終わらせよう、と思っていたのに、今週末締め切りの書類が事務から送られてきて、それを書いていたら半日終わってしまった。
  

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2005年02月11日

三連休

に行楽という学生らしからぬ行動にでたのがたたって関越は大渋滞。あーあ。

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2005年02月10日

頼まれて

Rubyでつくったプログラムを他のパソコンで動かすのは結構めんどくさそう。フォルダだけコピーしたらすぐつかえるようになったら便利なんだけど。そのうち良い方法がみつかるかな。

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2005年02月09日

セミナーの

発表者は今日は3人。どの人の発表も結構面白かった。サクラソウの話とシードバンクの話とリモセンの話。 購入希望図書リストにはぬかりなく新しくでた水生昆虫図鑑と昆虫学事典もいれておいた。

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研究室で購入する書籍の整理。なんかをやっているうちにあっという間に時間がたってしまった。18:00~研究室セミナー

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2005年02月08日

輪読会は

10時から始まって、主催者の意欲に支えられて20時まで延々続く。しかも中立進化の話に入ってから急に難しくなってきて、最後の方は頭が飽和状態。 2週間前から先生に見てもらっていた論文原稿が帰ってきた。こういう原稿では「まだ十分にorganizeされていない」といわれますね、とのこと。さすがに今日は疲れたので、明日から直すことにして研究室をでる。

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Population Genetics

の輪読会があるので満員電車覚悟で少し早めに家をでた。今回の担当は淘汰が作用する色々な様式の概観とシフティングバランスセオリーについての章。数カ月前に準備した内容なので、今朝パラパラみてみたらすっかり忘れてた。うーん。

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2005年02月07日

モブログ

と世の中ではよぶそうですが、携帯から投稿できるようにしてみました。なんだか字が小さく表示されるけど、まあ携帯で書いたのがすぐにわかっていいか。これからフィールドに行く日も増えてくるので、そんなとき役立つでしょう。

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2005年02月06日

頼まれ計算プログラムの作成など。プログラムといってもひたすら回帰を繰り返すだけのもの。以前に石井さんと相談していたのを結局、僕がつくるのを引き受けたというわけ。

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2005年02月05日

ベトナムに行く前に途中までやっていたデータの打ち込みなどをして、お休みモードの頭をウォームアップする。亜熱帯地方に行くといたるところ生き物であふれていると思っていたけど、ホーチミン市の周辺は郊外にいたるまで、人間のインパクトが強い感じだった。メコン河口の方まで足をのばしたけれども、トンボも2種(ウスバキトンボとハラボソトンボの仲間)しかみなかった。季節のせいもあるのかなあ。
 ベトナムの人も、日本と同じで昔は、トンボの飛ぶ高さで天気を予測していたそう。

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2005年02月04日

一週間ほどベトナムにいってきました。昆虫採集!ではなくて、観光&社会勉強で。かなりリフレッシュしたので、また明日から頑張らねば。

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2005年01月28日

 修士論文発表会。M2のお二人の雄姿を見にいく。夕方は、下野さんD論審査会終了の打ち上げ。

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2005年01月27日

夕方、宮下研でやっている『Ecology, Genetics, and Evolution of Metapopulation 2003 Hanski & Gaggiotti』の輪読会の予定。10章と13章。生活史の進化と分散がテーマで面白そうだし、一応読んでおかないとだめかなあ。
GLMの輪読会の日程調整。データ入力など。

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2005年01月26日

 やる気をだすために、今後3月くらいまでにやるべき仕事のリストアップと予定をたてる。
 17:00~研究室の下野さんの学位論文発表会。19:00~研究室セミナー

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2005年01月25日

午前中、水漏れがとまらない実験施設の水道の修理に出かける。どうやら接続部のゴムパッキンが劣化したのが原因のよう。新しいのに取り替えて修理完了。しめて¥880也。凍結を防止するために夜、朝方水が流れるように設定しなおす。なんだか疲れてしまったので早めに帰る。風邪気味かな。

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2005年01月24日

 昨日プリントアウトした原稿を今朝見直し。おかしなところがでてくるでてくる。うーん。
 手直しした原稿をコメントをいただくべく指導教官に提出。一息ついたので、棚上げにしていたEndnote ver.8の使い方を調べてたり、解析方法の改善策を考えたり。→計数データだからってポアソン回帰にすればいいという訳では必ずしもないという結論。

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2005年01月23日

曇り。寒い。
午後から研究室。
今日もM2の修論発表練習。論文原稿がとりあえず一通りできたのでプリントアウトして今日はここまで。印刷された文章をみると、モニタでみていては分からないおかしなところに気づくことが多い。紙からの方が意識しないけど多くの情報を得られているのかなあ。
 寒いと思ったら雪が降り始めていた。

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2005年01月22日

Rの作図の練習など。結構難しいなあ。なかなか思ったとおりの図ができません。
 夕方から、日本トンボ学会の若手の(飲み)会。若手も頑張って学会を活性化させようという趣旨で。

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2005年01月21日

 さっきから、右隣の就職活動真っ最中のM1のAくんが、面接官に、いかに奇抜な(ウケる?)ことを言うかが大事だと熱弁中。それに左隣のすでに就職が決まっているM2のSくんが先輩としてアドバイス。真ん中にはさまれて、「そんな世界じゃ生きてけないなあ」と就職活動せずに博士課程に進んだ自分は思ってます。...でもよく考えると奇抜で「ウケる」ことを目指すのは研究も同じか?
 修士論文発表会の練習につきあう18:00頃から。

投稿者 taku_kadoya : 11:37 | コメント (0) | トラックバック

2005年01月20日

 やっぱりイントロが一番頭をつかうなあ。なるほど、「何をやったか」から組み立てればいいのかあ(>これから論文を書く若者のために)。それから、話題を共通認識のあるところまでさかのぼると。なるほどなるほど。 
 大学へ向かう電車のラッシュがひどいので、最近、朝すこし家で仕事をしてオフピークで行くようになったんだけど、頭が仕事モードになってるので、電車の中でも考え事ができて時々アイディアが思い浮かぶという、思いがけないご利益が。こうなると、持ち運びしやすい軽いPCが欲しくなってくるけど、贅沢はいえないので。
 昨日とはうってかわって静かな研究室。セミナーの次の日は、だいたい静かなことが多い。
今年はWDAシンポジウム(in スペイン)に行こうと思っています。Michael J. Samwaysさん (Matieland, South Africa)とかDavid J. Thompson (Liverpool, UK)さんとか会ってみたい人がたくさん来るみたいだし。

投稿者 taku_kadoya : 09:18 | コメント (0) | トラックバック

2005年01月19日

午前中の時間は集中できるので結構大事です。
 今日は修士論文の〆切だそうです。そのせいか、研究室もすこし慌しい感じ。
 19:00から研究室セミナー。

投稿者 taku_kadoya : 09:24 | コメント (0) | トラックバック

2005年01月18日

今日も快晴。
 北海道から東京に来たばかりのころは、いつまでも秋が続いていつの間にか春になるという感じがしていたけど、関東の冬の季節感にもだいぶなじんできた。
 実験池に水を供給している水道のパッキンがいかれて水漏れしているらしい。心配はしていたけど、ここのところ続いた寒さで凍ったかな?うー直しにいかねば。

投稿者 taku_kadoya : 10:57 | コメント (0) | トラックバック

2005年01月17日

快晴。
今週は論文書きの週ということで。
まずRubyで書いた変数選択のプログラムを走らせておく。結構時間がかかる。
 Rubyのスクリプトを書くために使っているxyzzyにRuby-modeを入れたおかげでとってもみやすくなって手直しがしやすくなった。こうしてすこしずつ進歩していくんだなあ。
 wordを立ち上げるたびにアドインで入っているendnoteが暴れだすのはなぜなんだろう。というわけで自分で解決策を探すのが面倒なので、他力本願にサポートに問い合わせてみる。
  説明的なモデルをつくるのに、モデルの検証は必要かどうか。予測につかうわけではないので、手持ちのデータは全部パラメータ推定につかって、説明力の一番高いモデルを作ったいい気がするんだけど。そこらへんのことは、前の群集ゼミでも議論になっていた。
 3月に『Generalized Linear Models; Hoffman 2003』の輪読会をすることにしています。その相談など。本の目次をアップしました。
 茨城以外でも学校ビオトープってあちこちでたくさんつくってるんだなあ。横浜とか千葉とか。
endnoteサポートから返信メール。どうやら以前のバージョンと共存させているのがだめらしい。全部削除してから再インストールするとおとなしくなった。

投稿者 taku_kadoya : 10:38 | コメント (0) | トラックバック

2005年01月16日

 今日も午後から大学。
 endnoteが激しく不調。XP sp2になってからいいことないな。
 昨日の石井さんのスペクトルの解析はとりあえず数行Rでスクリプトを書くと上手くいった。

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2005年01月15日

有効桁数

午後から研究室。久しぶりに雨で、しかも休日なので暖房が切れていて寒い。
 PDの石井さんと解析の話をすこし。リモートセンシングでえられたスペクトルデータを説明変数にして一番説明力のある単回帰モデルをつくるだけなんだけど、スペクトルは比にして相対値にしてつかうらしく、70個バンドがあったら全部で5000組くらい変数ができる。これはRでやったほうがいいですねえということに。贅沢を言えば生データから組み合わせを生成するプログラムもつけると楽だけど、既に組み合わせの生成は人力で終わりそうとのこと。
  自分の仕事もやらなきゃならないということで。今日の仕事は論文書きの準備。
①使っているデータをもう少し整理して省くものは省く。→結局省かないほうはよさそう
②解析につかったプログラムなどのミスのチェック。→0.99999…までの値しかとらないはずの指標なのに時々1.000が出力されてくる。???
 プログラムで実数を計算するとき有効桁数というのがあるらしい。これよりも桁が多くなると四捨五入されちゃうのかな。この問題はRubyではBigDecimalというライブラリを使えば解決するらしいけど、使い方が良くわからない。
 数字をBigDecimalクラスにするのにlib/bigdecimal/util.rbを読み込んで、一度、数字を文字にしてからto_dというメソッドを使うと上手くいった。結果も直った!1.000→0.999999904328763になりました。ということは、Floatだと、小数点以下せいぜい6桁くらいまでしか使われていないということか?他のところも心配になってきたので見直さないと。  

投稿者 taku_kadoya : 13:29 | コメント (0) | トラックバック

2005年01月14日

昨日は環境研にいきました。上杉さんにweblogもっていない人は社会人ではない(!)なんていわれたので、自分のページに早速導入してみました。最近更新も滞っていたし、心機一転。
なんだか他のページに比べてかっこいい感じで違和感があるのは、そのうち素朴な感じにつくり直すことにして。
 そのうちといっていたけど夜に時間があったので他のページととりあえず色とか大まかなレイアウトをそろえておく。かっこいい感じと素朴な感じの中間になってまあこんなものかな。

投稿者 taku_kadoya : 18:16 | コメント (0)